我国经济体制发生深刻变革的今天，财务会计与税务会计合一的会计制度暴露出其极大的局限性。

    第一，这种会计制度不适应我国政府职能的划分和税收制度的改革。我国是公有制经济，国家拥有作为生产资料所有者的资产权力和作为国家政府的政治权力。这两种权力在经济上的混淆，不利于国家职能的划分，也不利于理顺国家与企业的关系。因此，国家在参与国有企业经济利益分配时，必须从根本上摆脱以往以利代税或以税代利的税利不分的错误做法，在税收方面实行税利分流改革。而这一改革对我国国有企业会计制度的影响作用，就是导致财务会计与税务会计的分离。税务会计依照国家政治权力的要求，计算纳税所得，征收税收，财务会计则按照会计科学性和资产所有者的要求，计算、分配会计税前、税后净利。如果说，税利分流是国家双重权力在税收方面的体现，那么，财务会计与税务会计分离则是国家两权分离对会计提出的合乎逻辑的要求。维持财务会计与税务会计合一的会计制度有悖于国家两权的划分，于理不通。 

    第二，这种会计制度不利于我国重建新的会计规范体系。会计改革的重要内容是建立新的会计规范体系，以会计准则或会计准则指导下的会计制度(脱离了财、税制度之后的会计制度)来规范全国的会计工作。会计准则一旦发布、实施，就应具有札对稳定性。我国目前的财务会计与税务会计合一的会计制度，随我国财务、税收制度的变化而作相应调整，常常通过国家政府的文件、批复进行大小不等的频繁变动，显然难于保持稳定。实行财务会计与税务会计分离后，财务会计可按照会计准则(指导下的会计制度)进行核算、反映，保持会计程序的相对稳定，税务会计贝〔根据国家政策、法令随时调整收入和费用的内容，体现国家政治权力的要求。

    第三，这种会计制度不利于我国会计理论建设。财务会计与税务会计合一的会计制度变动频繁、政策性强，使得会计教育界、理论界不得已围绕会计制度兜圈圈，出现了人们常念叨的“会计教科书就是一本制度说明书”的状况。讨论、研究会计名词、概念时，囿于财务、税收的限制，所定义的利润、费用、资产、折旧等等，也只能适应税法上的要求，很难顾及会计的科学性，由此所提供的报表所反映的多是财务、税法的信息(会计应当反映这方面的信息，关键问题是采用何种方法)，变革会计程序、方法时，首先考虑的是财政的承受能力，限制了会计科学性的运用，使得会计理论带有明显的财务、税收色彩。近年来，有关财务与会计关系之争，部分原因归咎于国家会计制度中财务、会计、税收的混合，使会计制度的制订始终无法摆脱财务、税收制度的左右，也使得财务与会计的界线不清，导致了今天会计理论研究的某些方面脱离了会计实践、会计方法僵化的局面。

    第四，这种制度不利于确定会计在企业管理中的地位。由于这种会计制度的政策性、强制性，使得会计人员的选择余地几乎不存在，既使有(如原材料的历史成本法、先进先出、加权平均等)，也是无关痛痒，难以触及发挥会计作用的实质—灵活多样的会计程序、方法。