在增值税方面，军工科研院所的主要业务大都涉及技术研究，最终的成果大多表现为科研报告、技术产品、软件产品、咨询报告等，国家税务总局关于技术研究类的税收优惠主要包括以下四点:技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务免征增值税;一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，对其增值税实际税负超过3%的部分实行增值税即征即退政策;内资研发机构和外资研发中心采购国产设备全额退还增值税,3年内转移或移作他用，按净值补缴增值税;非企业性单位中的一般纳税人提供的研发和技术服务、信息技术服务、鉴证咨询服务，以及销售技术、著作权等无形资产，可以选择简易计税按照3%征收率计算缴纳增值税。            

    当前，军工科研院所因军品销售不再免税，加之能够取得的进项抵扣有限，军工科研院所增值税实际税负较重，税务管理中可以通过以下几个方面来降低增值税税负:一是结合实际业务工作，在合同签订或项目立项初期，税务管理人员就参与到项目筹划中，提前了解合同的经费来源及性质，认真学习、研究技术研究类的税收优惠，积极与税务部门沟通，做好经费使用计划、经费管理办法等，并在经费使用计划、经费使用管理办法等文件中统筹考虑税收相关内容，在项目初期就把控好各项经费的使用，为后续落实税务管理降低税负成本打好基础。二是根据前期的准备工作，结合项目经费实际使用情况，对符合相关规定的业务按照税收优惠条件进行申报，最终实现降低增值税税负的目的。三是项目执行与推进过程中，借助于项目例会、中期检查的形式，加强与业务工作人员的沟通和交流，深入分析相关业务内容、项目经费使用情况，落实项目的过程监督，确保项目执行符合相关税收优惠政策的要求。

    在企业所得税方面，目前与军工科研院所相关的税收优惠政策主要有以下五点:第一，符合条件的技术转让一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元以内部分，免征企业所得税;超过500万元的部分，减半征收。第二，研发加计扣除:一般企业按照75%在当期加计扣除，制造业企业、科技型中小企业，按照100%在当期加计扣除。此外，委托外部机构或个人(境内)按照实际发生费用的80%计算加计扣除。第三，固定资产一次性扣除:所有行业企业新购进的设备、器具(指除房产、建筑物以外的固定资产)单位价值不超过500万元的，允许在投入使用的次月(所属的纳税年度)一次性税前扣除。第四，固定资产加速折旧:全部制造企业新购进的固定资产，可以采取加速折旧政策，使用加速折旧政策的企业，可以采取缩短折旧年限(不得低于税法规定最低年限的60%)或加速折旧方法(双倍余额递减法或年数总和法)。第五，购置并实际使用符合规定的环境保护、节能节水、安全生产专用设备的投资额的10%可以从当年的应纳税额中抵免，当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。

    结合军工科研院所实际情况，通过分析以上相关税收优惠政策，可以从以下几个方面合理提升税务管理:第一，对于技术转让来说，军工科研院所科研成果的主要表现形式就是技术，技术在转让时，符合条件的可以申请企业所得税的减免。第二，研发费用是科研院所成本中的重要构成部分，在计算应纳税所得额时，可利用税收优惠政策，根据政策申请研发费用加计扣除，但这也要求在成本归集时对研发费用加以区分，能够准确、明晰地进行核算。第三，部分军工科研院所因开展研究、试验的设备条件需要，固定资产较多，属重资产经营，合理利用好固定资产一次性扣除和固定资产加速折旧税收优惠政策，加大可税前扣除的成本能在一定程度上降低企业所得税的税负成本。第四，军工科研院所购置的部分资产因技术要求较高，购置价格昂贵，在入账时对其用途加以识别，判断是否符合税收优惠政策的要求，对于符合政策要求的专用设备的投资额10%即可直接从应纳税额中抵免，做好相关资料的备查工作。