对于传统军工科研院所来说，增值税税负的变化是当前所面临的最大税负风险。在税务政策的变化之下，销项税额大幅增加，降低增值税税负的有效途径是通过进项税额来进行抵扣。但科研院所具有间接成本占比大这一固有属性，使得很大一部分成本难以获取外部的增值税发票进行进项抵扣，进项抵扣较大程度上依赖于外部采购，故外部采购获取可抵扣的增值税专用发票就至关重要。            

    因此，在材料和零部件采购以及外部劳务和服务的供应商选择时，优先考虑能够开具可以抵税的增值税专用发票的供应商，并在签订合同之初就充分考虑和明确开具发票的种类、税率和时效，使项目成本在归集时保证其相应的进项税额能同步抵扣，确保项目成本归集的准确性和及时性，达到及时抵税及降低税负的目的。同时，应加强供应商管理，对于供应商的审查除价格和质量之外关注税务风险，防范出现供应商开具虚假或者异常增值税发票使得进项税额无法抵扣、增加税负成本的问题。此外，还应当加强内部的宣传与培训，业务人员在经办业务之初就尽量约定获取可以进行进项抵扣的增值税发票，从源头上保障进项税额抵扣。