从税务风险管理制度架构的建立上来看，傅玲(2018)提出相应的完善研究经费管理制度问题上的措施重点包括:建立科学合理的研究战略目标、健全研究人员绩效考核和奖励制度、优化公司组织结构、增强研究项目计划的全面性和准确性、提高公司全员的研究经费管理制度意识、健全公司的财务制度以及增强研究人员的专业创新能力。          

    与研发活动有关的具体活动往往要分具体情况讨论，在会计上确定的能再据实抵扣的数额，在税务上也不一定都能再加计抵扣;税收上的加计抵扣政策，根据不同的实际情形而有不同的处理方法。

    在税收管理方面，钟永皇(2020)曾建议推动研究费用税收管理事业发展的主要举措，包括:注重研究开发加计扣除的具体应用范围;在申报所得税时，公司必须及时将有关材料提交给税务机关;为进一步提高新技术企业业管理水平，并按照新规定中的规定，对公司可以加计抵扣的研究费用发生额，加以正确记载和整理。在具体操作中，高金平(2016)强调，公司利用在当期取得的技术开发过程中产生的下脚料、残次物、中途试制件等特殊收入，直接冲减研发支出。公司的研究活动直接构成生产成果或当作一部分而实现的商品在外推销的，研究费用中相应的材料费用也从“研究费用“科目中结转出。