纳税风险管理部门在企业中扮演着重要的角色，必须遵循我国纳税政策法规，并针对Y医疗器械公司的生产经营状况和财务状况，提出有利于公司发展的税务企业风险管理对策。该部门的工作人员需要具备较强的专业能力，了解纳税政策法律和财务知识，将二者融合应用于实践。同时，他们还需要积极参与各部门沟通协调，提供相关纳税服务和指导，推广和培训有关纳税政策，定期搜集研究最新税务法规，为企业提供法律依据和意见建议。               

    在制定企业纳税风险管理对策时，纳税风险管理部门应深入了解公司的生产经营情况，为其整体涉税活动或某一专项生产经营活动进行纳税筹划，有针对性地降低企业可能遭受的纳税风险。此外，他们还应不断评估纳税风险，发现存在的风险漏洞和问题，及时提出解决方案并跟踪执行情况。

    在日常工作中，纳税风险管理部门应建立健全的考核激励制度，定期对工作人员进行业务考核，及时发现和解决存在的问题，激发他们的工作热情和创造力。

    总之，纳税风险管理部门的重要性不可低估。通过加强专业化培训、优化工作流程、积极沟通协调和加强内部考核激励等多方面的努力，将有效降低公司的纳税风险，为其可持续发展提供重要支撑。

    针对Y医疗器械公司的纳税风险管理工作，设立一名税务监督员和三名专业纳税风险管理人员是一种有效的措施。这样的设置可以使公司在整体涉税工作中更加有效地防范、识别、处理风险问题。为了贯彻实施这个建议，可以将具体职责和业务范围划分如下:税务监督员负责指导和监管公司的所有涉税工作，确保公司依法纳税。其中一个专业纳税风险管理人员主要负责所有税费工作，另外一个专业纳税风险管理人员负责关键交易和特殊交易的税务事宜，还有一个专业纳税风险管理人员则负责公司的税务规划和风险防范。每位员工的具体职责和业务范围需要明确划分，确保各项工作协调有序。

    此外，为了提升纳税风险管理部门的专业化水平，建议税务监督员应当具有审计和税务管理专业资格或硕士学位，以更好地指导和监管公司的纳税工作。三名专业人员也应当具有税务员执业资格，学历为本科以上学历，以确保他们具备较强的税务专业能力。