(一)收支确认差异

    在税收制度中，为了保证财务报表的精确性和透明度，纳税人和企事业单位在会计核算时，都要按照权责发生制的原则进行核算。事业单位一般是没有收支差额的，所以收入和支出都是按照应计制进行核算的。在事业单位会计准则中，一般采用收付制和实收制，对营业收入采用权责发生制。这种情况与事业单位自身的发展需要之间存在着一定的矛盾，所以在事业单位会计制度改革之后，将收付实现制应用到事业单位财务管理工作中，具有十分重要的意义。在实践中，音仔分事业单位为便于财务会计核算，采用收付实现制，造成了税收制度与会计准则在收入确认上存在较大差异。当实现收付时，财务会计核算将以实际收付款为基准，处理单位内部的经济业务，从而确定本期收入和支出的盈亏情况。税收制度采取的是权责发生制，在对收入和支出以及归属进行确认时，会根据权力责任发生的时间来确定，也就是说，在本期内发生的收入和支出费用，不管是收到还是付出，都应该计入本期，否则就不应该计入本期。相对于现金收付制而言，权责发生制更加清晰直观，因而为多数事业单位所采用。                   

    (二)费用扣除差异

    税务制度中要求事业单位应当按照计税工资总额的2%扣除工会经费、员工福利等费用，但是不应该扣除其他直接列支费用的税款。已经扣除了员工福利费用的金额不能再从健康基金中扣除，也不能再从应税收入中扣除。《中华人民共和国税法》规定，事业单位与营利事业单位在工会经费与员工福利费扣除时，均采用统一的扣除标准。事业单位的性质不同于营利组织，所以在实际工作中，财务人员除了要遵守税法的要求之外，还应该根据自己的特点合理设置扣除项目。通常事业单位会计人员会按照财政部门的规定做好费用的计提。

    (三)资产确认差异

    首先，固定资产的确认。在税法上，使用一年以上的设备、房屋、工具等都可以归为固定资产，固定资产与事业单位的实际生产有着密切关系。事业单位会计规范明确固定资产是指物品使用年限超过一年的资产。因此，公共事业单位的固定资产可被理解为是提供公共物品、公共服务所使用的物质资源。事业单位相对于税务制度中对固定资产的确认来说，它的适用范围更广，所以在计算应缴税款的时候，会因为固定资产确认的不同而导致应缴税金额不同。

    其次，在固定资产的处置上，要做更细致的计划。一是对资产的处理方法。在税务系统中，非营利组织，如事业单位等，按照会计准则提取的费用，不得在计算所得税时扣减，而对于固定资产，应按折旧方法计提。二是对固定资产的会计处理。随着我国经济环境的变化，事业单位会计制度也将发生相应的变化。根据税收规定，维修费用属于固定资产原值科目，不能在税前扣除。

    最后，无形资产的确认。在会计准则中，无形资产分为无限寿命与有限寿命两类，当其效益无法确定时，应归为无限寿命型无形资产。在折旧方面，应当免去使用寿命不确定的无形资产的摊销;如果无形资产寿命有限，那么可以按照直线法进行摊销。在确定无形资产摊销金额及费用化处理方法时，应充分考虑无形资产的经济性。目前税法上对无形资产没有明确分类，因此，所有无形资产均应按直线法摊销。无形资产属于收益性资产，应当采用加速折旧法。对于投资或受让的无形资产，应当按照事业单位申请文件中规定的受益年限，按照法律规定的年限分期摊销，以保证其价值合理分配。