(一)税收优惠资格认定条件不符

    单位取得不征税收入，按照税法规定应当同时满足三个条件:第一，企业能够提供资金专项用途的资金拨付文件;第二，财政部门或者其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的管理办法或具体管理要求;第三，企业需对该资金单独核算。在实际工作中，第三点比较容易满足，但是第一点和第二点较难判断，比如在某些大型重点专项中，有当地政府购买服务转入的项目经费等，容易混入不征税收入中申报，造成少缴税款。针对农业机耕、排灌、病虫害防治、植物保护、农牧保险以及相关技术培训业务免征增值税，这些培训业务在税法上都有着特定的内容范畴，需要财税人员有高度的政策理解能力和判断能力，一旦免税资格判断有误，将面临极大的补税和滞纳金风险。      

    (二)财务核算与税务申报口径不一致

    执行《政府会计制度》的单位，财务会计采用权责发生制，采用不征税收入购买的相关设备等资产，按照使用年限每月计提折旧列入费用，税法规定不征税收入对应的费用不能在所得税前扣除，因此在资产折旧管理上要严格区分。此外，涉及相关管理费用的分摊，例如管理人员工资和其他期间费用等，如果没有在应税收入和不征税收入、免税收入中按比例分摊相应费用支出，导致财务核算与税务申报口径不一致，会带来较大的税务风险。

    (三)会计核算不清晰导致纳税调整难度大

    单位取得满足不征税收入条件的收入进行申报后，其专项资金如果60个月没有发生支出或者未缴回财政部门的部分需要作纳税调增。实务中，不征税收入及支出做入“事业收入”等科目核算后，没有根据纳税调增的要求及时将项目结余列入“其他收入”，在不征税收入专项数量很大的情况下，单纯依靠人工记录、计算每个专项的纳税调增资金收入，工作量大且容易出错，进而造成“A105040专项用途财政性资金纳税调整明细表”申报数据不实，不能准确反映单位应纳税收入调增情况，会面临税务稽查和补退税风险。