对于建筑施工类企业而言，高新技术的研发活动大多都以本身的工程项目作为基础载体，在工程项目的施工之上安排专业的研发队伍，使工程项目既能够承担基本的生产经营职能，又能够为技术研发做基础案例。基于此功能划分，建筑工程项目在费用划分、组织管理等方面的难度远大于传统的建筑施工项目，现阶段主要存在以下几点财务风险方面的问题:         

    首先，同一个研发人员需要同时承担多个不同的课题，使得在划分研发费用方面存在模糊情况，根据现阶段应用的高新技术企业认证条例规定，企业的各类科学技术研发费用必须单独核算，然而如果企业的科研团队或具体的科研人员同时承担了多个科研项目的研发，那么在科研人员的劳动成本、办公成本方面将会变得难以界定，同期项目研发需要耗费的设备成本和材料成本等都无法以科研课题为基础加以单独核算，导致研发费用难以合理分配;其次，同一项目的施工成本和研发费用无法明确划分，对于大部分建筑施工企业而言，其科研人员不仅仅需要进行专门的科研活动，还需要对施工生产活动进行专业指导，科研人员的职能范围不仅在于科技研发，还需要进行施工生产活动，导致施工建筑企业的财务管理部门很难明确的划分项目施工成本和科研支出费用;此外，科研项目立项机制不合理的影响，并且后续的研发支出管理机制也不够完善，如果研发项目的立项工作缺少严谨性，比如重名项目的出现、只有科研立项却没有项目验收报告、已结项的项目没有基本项目材料等问题，导致科研项目难以推进，再加上部分建筑施工企业将企业发展的重心放在施工本身，对研发工作的支出管理力度不足，导致研发经费没有计人到项目研发成本上，使得研发税务风险问题大幅加重;最后，技术研发的支出费用核算范围难以确定，由于建筑施工企业内部的各个经营部门缺少有效的沟通交流，导致财务部门与科研部门在技术研发各项支出费用的确认方面存在差异，甚至会出现支出范围出人较大的问题，再加上部分技术研发部门和科研人员不仅需要从事技术研发工作，还需要指导施工项目的开展，科研人员同时担任技术研发和施工指导两项工作，给财务部门的费用划分带来了更大的困难。