第一，研发费用归集和核算存在间题。研发费用管理要求财务人员掌握研发费用管理工作方法及合理开展研发费用确认、计量等方面活动。但是部分企业在研发费用的归集和核算不够规范。比如，企业研发支出的科目设置不够完善，未按照具体的研发项目归集与项目直接相关的研发费用，研发费用与生产或经营成本区分标准不清晰，研发费用核算无活动发性的真实依据等，导致企业在研发项目的费用归集混乱。               

    第二，研发项目的管理存在问题。企业研发项目管理是企业研发活动过程中举足轻重的一环，企业研发项目管理直接关系到企业的研发效率及企业长期创新发展。但部分企业研发项目的管理存在问题。研发项目的立项和项目规划不明确，研发项目的创新性评估不够充分，导致企业部分研发项目不符合税务上研发费用加计扣除的要求，不能充分享受税收优惠政策，对企业造成税收损失以及资金成本;研发项目管理财务人员与研发人员缺乏沟通桥梁，绝大多数财务人员对研发技术不够了解，而企业研发人员对税务研发项目加计扣除的政策也缺乏足够认识，双方衔接不够顺畅，导致企业研发项目管理过程中信息不对称，造成管理混乱。

    第三，研发相关税务政策风险管理不当。企业在研发费用税务风险管理环节，要对涉税工作流程进行分析，全面掌握税务工作要求。但是部分企业税务风险管理不当，在研发费用相关税收政策的享受过程中，对税收政策的理解不到位，执行不充分。同时部分企业未合理保管各项涉税资料，很可能在后续税务机关到企业检查时企业补缴税款。