企业自查与税务稽查密切联系，一方面不彻底的税务自查，或者未能达到税务机关心理预期的自查，容易导致税务机关进行更为严厉的专项检查;另一方面，如果自查结果已经符合税务机关要求，通常在一定程度上可以降低被税务稽查的风险。税务检查工作影响到企业的经营活动与财务活动，主要风险存在以下方面:     

    1.企税关系紧张，扩大经营风险

    财务活动不仅体现在钱和物的增减变动上，更充分反映在人与人之间的经济利益关系上，财务关系体现着财务活动的本质特征，并影响着财务活动的规模与速度。在持续经营的假设下，企业必须能够妥善处理长期的财务关系，特别是与监管部门之间的财务关系。企业与税务机关的财务关系主要是税务活动中被管理者和管理者的关系，更多的体现是纳税义务，企业应当按照税收法规的要求及时准确的申报纳税，否则就会受到税务机关的处罚，降低税务机关对其税务评级，将会承担更为严格的税务管理、甚至增大税务工作难度。

    2.巨额税款、滞纳金、罚款增加短期财务风险

    按照现行税法规定，对于因纳税人计算错误等造成未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金;对于纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款;如果追究刑事责任的话，要处以1-5倍不缴或者少缴税款的罚金。

    3.丧失良好信誉、影响投资者信心

    在市场信号传递中，企业被税务机关进行立案调查、处罚往往是经营活动出现问题的强信号，在各级市场中均有明显的负面反应。税务机关介入企业运作会致使供应商、合伙人直接形成负面的主观判断，认为企业出现了严重的财务问题或经营问题，造成供应商减少提供商业信用，增大催收账款力度，对企业形成巨大短期财务压力;市场销售端方面，客户信心受损，产品销售停滞，销售回款困难，更加重企业短期经营风险;资本市场方面，极大影响到投资人对其投资安全的忧虑，促使投资人提前收回投资，或者要求提供更高的保证。这些连环反应会严重影响企业的短期经营活动，增大企业短期财务压力。