(一)执行标准不统一

    医院税务管理所面临的首要难题在于，税收政策存在诸多含混不清的区域，尤其是针对非营利性医疗机构的特殊政策。如上述提到的“非营利性收入”与“经营性收入”，界定准则不够明晰，科研经费、捐赠收入等特殊业务的税务处理缺乏明确的指导。而且，不同地区的税务机构对于同一政策的理解以及执行尺度存在差别，致使医院在跨区域业务开展过程中遭遇政策适用方面的困惑。            

    (二)历史遗留问题处置困难

    众多医院存在长期累积的税务历史难题，如以前年度收入确认不够完整、成本列支凭证缺失等，这些问题往往涉及多个年度，相关业务经办人员有可能已经离职，原始资料也不齐全，从而导致问题追溯困难重重。同时，医院面临一些历史问题的整改或许会涉及大额补税以及滞纳金，加上时间跨度大，超出法定追溯期限，更加考验税务合规管管理的能力。

    (三)业务类型复杂多样

    医院所涉业务范畴囊括医疗服务、科学研究、教学活动、产业运营等诸多领域，各类业务的税务处理准则差异显著例如，特需医疗服务与基本医疗服务的税务政策不尽相同，科研项目经费涉及增值税、企业所得税等多种税种的处理事宜。与此同时，医院采购的药品类、没备类、服务类等涉及各异税率。此类业务要求较高，但在实际中，部分医院还是需要再加强专业税务队伍的构成，方可使税务处理规范。